Metabolinen klubi syntyi perinnöllisiä aineenvaihdunnan harvinaissairauksia hoitavien lääkäreiden tapausesityksistä 1990-luvun alussa.  Ensimmäiset tapausesityskokoukset järjestettiin HYKSin lastenklinikassa professori Martin Renlundin vetämänä. Kokoukset laajenivat nopeasti valtakunnallisiksi koulutustilaisuuksiksi. Suomen metabolinen klubi rekisteröitiin viralliseksi yhdistykseksi vuonna 2006, ja siinä on nyt yli 100 jäsentä edustaen yli kymmentä erikoisalaa sekä diagnostisilta että kliinisiltä aloilta sekä ravitsemusterapeutteja ja kemistejä. Klubin vuosittaiset koulutukset ovat laajentuneet kaksipäiväisiksi monialaisiksi koulutuksiksi alkuaikojen ongelmatapauskokouksista.